ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ N. MENINGITIDIS ЦИРКУЛИРОВАВШИХ В Г. НУР-СУЛТАН С 2010 ПО 2020 ГОДЫ
Введение. Эпидемиология менингококковой инфекции может измениться непредсказуемо, и тип изолятов Neisseria meningitidis имеет решающее значение для наблюдения за инвазивным менингококком.
Цель исследования. Проведение молекулярно-эпидемиологического и генетического исследования штаммов N.meningitidis, циркулирующих в г. Нур-Султан.
Материалы и методы. Поведен анализ историй болезни пациентов, пролеченных с диагнозом «менингококковый менингит» в Многопрофильной городской детской больнице №3 г. Нур-Султан за 2010-2020 гг. Характеристика изолятов Neisseria meningitidis, собранных из спинномозговой жидкости и крови у детей (n=120), были генотипированы с помощью мультилокусного типирования последовательностей (MLST) и секвенирования генов porB, porA, fetA, fHbp и penA. Серотипирование проводилось с помощью метода латекс-агглютинации. Чувствительность к противомикробным препаратам определялась с помощью диско-диффузного метода и протестирована на чувствительность к антибиотикам с использованием мультилокусного типирования последовательностей (MLST). Статистическую обработку клинико-лабораторных данных рассчитывали с использованием программы SPSS IBM Statistiсs 20. Возраст различных линий выполнен с помощью теста Mann-Whitney U.
Результаты. Анализ показал наибольший удельный вес выявляемости среди серогрупп «А» -59,2% (n=71), на втором месте «В»- 24,2% (n=29), на третьем - «С»- 10,8% (n=13) и низкий показатель у серогрупп «W135»-4,2% (n=5) и «29Е»- 1,7% (n=2). Результаты полногеномного анализа N.meningitidis были депонированы в международную базу данных Genbank по следующим номерам: SRX7002979, SRX7002980, SRX7002981, SRX7002982.
Выводы. Полногеномный анализ внес значительный вклад в детальную молекулярную характеристику изолятов N. meningitidis, выделенных в Казахстане за 10-летний период. Позволил определить уровень генетического расхождения между полученными в Казахстане и других странах изолятами. Генетическая филогения полных геномов выявила географическую циркуляцию серотипов и штаммов, а также случаи передачи между странами.
Алия Ж. Сейдуллаева1,2, https://orcid.org/0000-0002-0073-4405
Динагуль А. Баешева1,2, https://orcid.org/0000-0001-6843-9712
Баян Р. Турдалина1,2, https://orcid.org/0000-0001-5672-7370
Алёна В. Алтынбекова1,2, https://orcid.org/0000-0002-4407-4525
Айым М. Турарова1,
Асет Ж. Данияров3, https://orcid.org/0000-0003-3886-718X
Улыкбек Е. Каиров3, https://orcid.org/0000-0001-8511-8064
Самат С. Кожахметов3,4* https://orcid.org/0000-0001-9668-0327
1 НАО «Медицинский университет Астана», г. Нур-Султан, Республика Казахстан;
2 Многопрофильная городская детская больница №3, г. Нур-Султан, Республика Казахстан;
3 Центр наук о жизни ЧУ "National Laboratory Astana" Назарбаев Университет,
г. Нур-Султан, Республика Казахстан;
4 Инновационный центр ArtScience, г. Нур-Султан, Республика Казахстан.
1. Баешева Д.А., Жаксылыкова Г.А., Сейдуллаева А.Ж. Мониторинг заболеваемости менингококковой инфекцией в Республике Казахстан за 2012-2017 гг. среди детского населения // Валеология. 2018. № 3: С. 41-47.
2. Ералиева Л.Т. Совершенствование диагностики бактериальных менингитов у детей и иммунопатогенетические подходы к терапии: дис. …д-ра мед.наук. Алматы. 2010, 210 с.
3. Ералиева Л.Т., Мусаев А.Т., Ешманова А.К., Уалиева С.Т. Характеристика клинико-биохимических критериев пневмококкового менингита у детей // Вестник КазНМУ. 2014. №4. С. 246-250.
4. Ahmed M.M., Nour M.A.K., Soheir S.M. Detection of Neisseria meningitidis DNA in blood samples using direct-PCR test // Egyptian pharmaceutical journal, 2013. 1(1): р. 115-119.
5. Batista, R.S., Gomes A.P., Gazineo J.L.D., Miguel P.S.P. Santana L.A., Geller L.O.M. Meningococcal disease, a clinical and epidemiological review // Asian Pacific Journal of Tropical Medicine, 2017. 10(11): P. 1019-1029.
6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics, 2014. 30(15): P. 2114-2120.
7. Bratche, H.B., Corton C., Jolley K.A., Parkhill J., Maiden M.C.J. A gene-by-gene population genomics platform: de novo assembly, annotation and genealogical analysis of 108 representative Neisseria meningitidis genomes // BMC Genomics, 2014. 15(1): p. 1138.
8. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies // Mol Biol Evol, 2006. 23(2): P. 254-67.
9. Jolley K.A., Bray J.E. Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications // Wellcome open research, 2018. 3: p. 124-124.
10. Kambiré D., Soeters H.M., Ouédraogo-Traoré R., Medah I., Sangare L. Nationwide Trends in Bacterial Meningitis before the Introduction of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine-Burkina Faso, 2011-2013 // PloS one, 20. 11(11): P. e0166384-e0166384.
11. Kim H.-J., Fay M.P., Feuer E.J. Midthune D.N. Permutation tests for joinpoint regression with applications to cancer rates // Statistics in Medicine, 2000. 19(3): P. 335-351.
12. Kim K.S. Acute bacterial meningitis in infants and children // Lancet Infect Dis. 2010. Vol. 10. P. 32-42.
13. Levy C., de La Rocque F, Cohen R. Epidemiology of pediatric bacterial meningitis in France // Med Mal Infect. 2009.39. P. 419–431.
14. Martin N.G., Sadarangani M., Pollard A.J., Goldacre M.J. Hospital admission rates for meningitis and septicaemia caused by Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, and Streptococcus pneumoniae in children in England overfive decades: a population-based observational study // Lancet Infect Dis. 2014. 14. P. 397-405.
15. Mueller J.E. Conjugate vaccine introduction in the African meningitis belt: meeting surveillance objectives // Tropical Medicine and International Health. 2013. Vol. 18. 1. P. 58–64.
16. Paireau J., Chen A., Broutin H. Grenfell B., Basta N.E. Seasonal dynamics of bacterial meningitis: a time-series analysis // Lancet Glob Health. 2016 Jun; 4(6): e370–e377.
17. WHO, Global burden of disease estimates. Geneva: World Health Organization, 2016. 01.09.2020.
18. Yazdankhah S.P., Kriz P., Tzanakaki G., Kalmusova J., Musilek M., Alvestad T., Jolley K.A., Wilson D.J., McCarthy N.D., Caugant D.A., Maiden M.C.J. Distribution of serogroups and genotypes among disease-associated and carried isolates of Neisseria meningitidis from the Czech Republic, Greece, and Norway // J Clin Microbiol. 2014. 42. P. 5146–5153.
19. Zerbino D.R., Birney E. Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs // Genome Research, 2008. 18(5): P. 821-829.
20. Zhang Y., Wei D., Guo X., Han M., Yuan L. Kyaw H.M. Burden of Neisseria meningitidis infections in China: a systematic review and meta-analysis // Journal of global health, 2016. 6(2): P. 020409-020409.
21. Zouheir Y., Atany T. Boudebouch N. Emergence and spread of resistant N. meningitidis implicated in invasive meningococcal diseases during the past decade (2008–2017) // The Journal of Antibiotics. 2019. Vol. 72. P. 185–188.
References:
1. Baesheva D.A., Zhaksylykova, G.A., Seidullaeva, A.Zh. Monitoring zabolevaemosti meningokokkovoi infektsiei v Respublike Kazakhstan za 2012-2017 gg. sredi detskogo naseleniya [Monitoring the incidence of meningococcal infection in the Republic of Kazakhstan for 2012-2017 among the child population]. Valeologiya [Valeology]. 2018. Vol. 3: pp. 41-47 [in Russian].
2. Eralieva L.T. Sovershenstvovanie diagnostiki bakterial'nykh meningitov u detei i immunopatogeneticheskie podkhody k terapii [Improving the diagnosis of bacterial meningitis in children and immunopathogenetic approaches to therapy]: dokt. diss. Almaty. 2010. 210p. [in Russian].
3. Eralieva L.T., Musayeva A.T., Echmanova A., Ualiyeva S. Kharakteristika kliniko-biokhimicheskikh kriteriev pnevmokokkovogo meningita u detei [Characteristics of clinical and biochemical criteria for pneumococcal meningitis in children]. Vestnik KazNMU [Bulletin KazNMU]. 2014. 4. pp. 246-250 [in Russian].
4. Ahmed M.M., Nour M.A.K., Soheir S.M. Detection of Neisseria meningitidis DNA in blood samples using direct-PCR test. Egyptian pharmaceutical journal. 2013. 1(1): р. 115-119.
5. Batista R.S., Gomes A.P., Gazineo J.L.D., Miguel P.S.P., Santana L.A. Geller L.O.M. Meningococcal disease, a clinical and epidemiological review. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine. 2017. 10(11): P. 1019-1029.
6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014. 30(15): p. 2114-2120.
7. Bratcher H.B., Corton C., Jolley K.A., Parkhill J., Maiden M.C.J. A gene-by-gene population genomics platform: de novo assembly, annotation and genealogical analysis of 108 representative Neisseria meningitidis genomes. BMC Genomics. 2014. 15(1): P. 1138.
8. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies. Mol Biol Evol. 2006. 23(2): P. 254-67.
9. Jolley K.A., Bray J.E., Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications. Wellcome open research. 2018. 3: P. 124-124.
10. Kambiré D., Soeters H.M. Ouédraogo-Traoré R., Medah I., Sangare L. Nationwide Trends in Bacterial Meningitis before the Introduction of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine-Burkina Faso, 2011-2013. PloS one. 20. 11(11): p. e0166384-e0166384.
11. Kim H.-J., Fay M.P., Feuer E.J., Midthune D.N. Permutation tests for joinpoint regression with applications to cancer rates. Statistics in Medicine. 2000. 19(3): P. 335-351.
12. Kim K.S. Acute bacterial meningitis in infants and children. Lancet Infect Dis. 2010. Vol. 10. P. 32-42.
13. Levy C., de La Rocque F., Cohen R. Epidemiology of pediatric bacterial meningitis in France. Med Mal Infect. 2009.39. P. 419–431.
14. Martin N.G., Sadarangani M., Pollard A.J., Goldacre M.J. Hospital admission rates for meningitis and septicaemia caused by Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, and Streptococcus pneumoniae in children in England overfive decades: a population-based observational study. Lancet Infect Dis. 2014. 14. P. 397-405.
15. Mueller J.E. Conjugate vaccine introduction in the African meningitis belt:meeting surveillance objectives. Tropical Medicine and International Health. 2013. Vol. 18. 1. P. 58–64.
16. Paireau J., Chen A., Broutin H., Grenfell B., Basta N.E. Seasonal dynamics of bacterial meningitis: a time-series analysis. Lancet Glob Health. 2016 Jun; 4(6): e370–e377.
17. WHO., Global burden of disease estimates. Geneva: World Health Organization, 2016. 01.09.2020.
18. Yazdankhah S.P., Kriz P., Tzanakaki G. Kalmusova J., Musilek M., Alvestad T., Jolley K.A., Wilson D.J., McCarthy N.D., Caugant D.A., Maiden M.C.J. Distribution of serogroups and genotypes among disease-associated and carried isolates of Neisseria meningitidis from the Czech Republic, Greece, and Norway. J Clin Microbiol. 2014. 42. P. 5146–5153.
19. Zerbino D.R., Birney E. Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Research. 2008. 18(5): P. 821-829.
20. Zhang Y., Wei D., Guo X., Han M., Yuan L. Kyaw H.M. Burden of Neisseria meningitidis infections in China: a systematic review and meta-analysis. Journal of global health. 2016. 6(2): P. 020409-020409.
21. Zouheir Y., Atany T., Boudebouch N. Emergence and spread of resistant N. meningitidis implicated in invasive meningococcal diseases during the past decade (2008–2017). The Journal of Antibiotics. 2019. Vol. 72. P. 185–188.
Количество просмотров: 1116
Категория статей:
Оригинальные исследования
Библиографическая ссылка
Сейдуллаева А.Ж., Баешева Д.А., Турдалина Б.Р., Алтынбекова А.В., Турарова А.М., Данияров А.Ж., Каиров У.Е., Кожахметов С.С. Характеристика штаммов N. Meningitidis циркулировавших в г. Нур-Султан с 2010 по 2020 годы // Наука и Здравоохранение. 2020. 6 (Т.22). С. 26-34. doi 10.34689/SH.2020.22.6.004Похожие публикации:
МЕХАНИКАЛЫҚ САРҒАЮ ОПЕРАЦИЯСЫ КЕЗІНДЕ КОАГУЛОПАТИЯЛЫҚ ҚАН КЕТУДІҢ АЛДЫН АЛУ ӘДІСІ
ОПТИМИЗАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ АУТОДЕРМОПЛАСТИКИ ПРИ ЛЕЧЕНИИ ГРАНУЛИРУЮЩИХ ГНОЙНЫХ РАН
BASICS OF REHABILITATION OF CHILDREN AFTER OPERATIONS ON THE COLON AND ANORECTAL AREA
HEALTH INDICATORS OF FIRST-YEAR-OF-LIFE CHILDREN IN THE REPUBLIC OF KAZAKHSTAN FOR 2013-2022
ОЦЕНКА УДОВЛЕТВОРЕННОСТИ ТРУДОВОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬЮ ВРАЧЕЙ АНЕСТЕЗИОЛОГОВ-РЕАНИМАТОЛОГОВ ГОРОДА АСТАНА