СРАВНИТЕЛЬНАЯ ОЦЕНКА МЕТОДОВ ТИПИРОВАНИЯ E.COLI - MLST И СЕРОТИПИРОВАНИЯ
Актуальность и цель: Методы субвидового типирования позволяют проводить анализ генетического родства (клональности) между штаммами микроорганизмов одного вида и установить возможную эпидемиологическую связь между источниками инфицирования, факторами передачи возбудителя. Определение и сравнение результатов серологического и мультилокусного секвенирования типирований на основе полногеномных данных E.coli.
Материал и методы исследования: Определение серологических вариантов и МЛСТ типов E.coli проводилось на основе полногеномных данных с использованием веб ресурса центра геномной эпидемиологии (www.genomicepidemiology.org). Разрешающая способность, а также согласованность результатов проводилась на основании Rand и adj.Wallace индексов.
Результаты и обсуждения: Исследование, проведенное на основе полногеномных данных E.coli с определение МЛСТ и серотипов продемонстрировало разрешающую способность на уровне (95-96%). Конкордантность между результатами, полученными двумя методами, составило 83,9% (95% ДИ 80,2-86,5). Предсказательная способность для МЛСТ на основе О:Н генотипов 76%, для серотипов используя данные МЛСТ составило 92,2%
Вывод: При схожей разрешающей способности серотипирования и МЛСТ (95-96%), согласованность результатов в целом составило 84%. При этом, в отношении одних сиквенс типов наблюдается однозначное соответствие серотипов, в тоже время как для других МЛСТ типов характерна неоднородная картина серотипов.
Д. Б. Бабенко1, А. А. Турмухамбетова1, Н. Е. Аукенов2
1Карагандинский государственный медицинский университет, г. Караганда, Казахстан;
2Государственный медицинский университет города Семей, г. Семей, Казахстан.
1 Choi S. Y., Jeon Y. S., Lee J. H. et al. Multilocus sequence typing analysis of Shigella flexneri isolates collected in Asian countries // J Med Microbiol. 2007. Vol 56 (Pt 11). P. 1460-6.
2 Croxen M. A. and Finlay B. B. Molecular mechanisms of Escherichia coli pathogenicity // Nat Rev Microbiol. 2010. Vol 8(1). P. 26-38.
3 Croxen M. A., Law R. J., Scholz R. et al. Recent advances in understanding enteric pathogenic Escherichia coli // Clin Microbiol Rev. 2013. Vol.26(4). P. 822-80.
4 DebRoy C., Roberts E., and Fratamico P. M. Detection of O antigens in Escherichia coli. // Anim Health Res Rev. 2011. Vol.12(2). P. 169-85.
5 Enright M. C. and Spratt B. G. Multilocus sequence typing // Trends Microbiol. 1999. Vol. 7(12). P. 482-7.
6 Feil E. J., Li B. C., Aanensen D. M. et al. eBURST: inferring patterns of evolutionary descent among clusters of related bacterial genotypes from multilocus sequence typing data// J Bacteriol. 2004. Vol.186(5). P.1518-30.
7 Fowlkes E. B. and Mallows C. L. A method for comparing two hierarchical clusterings // J. Am. Stat. Assoc. 1983. Vol.(78). P. 553–569.
8 Jenke C., Lindstedt B. A., Harmsen D., et al. Comparison of multilocus variable-number tandem-repeat analysis and multilocus sequence typing for differentiation of hemolytic-uremic syndrome-associated Escherichia coli (HUSEC) collection strains // J Clin Microbiol. 2011. Vol.49(10). P. 3644-6.
9 Kaper J. B., Nataro J. P., Mobley H. L. Pathogenic Escherichia coli // Nat Rev Microbiol. 2004. Vol.2(2). P. 123-40
10 Kotloff K. L., Nataro J. P., Blackwelder W. C. et al. Burden and aetiology of diarrhoeal disease in infants and young children in developing countries (the Global Enteric Multicenter Study, GEMS): a prospective, case-control study // Lancet. 2013. Vol.382(9888). P. 209-22.
11 Lacher D. W., Steinsland H., Blank T. E. et al. Molecular evolution of typical enteropathogenic Escherichia coli: clonal analysis by multilocus sequence typing and virulence gene allelic profiling // J Bacteriol. 2007. Vol.189(2). P. 342-50.
12 Maiden M. C., Bygraves J. A., Feil E. et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. Vol.95(6). P. 3140-5.
13 Maiden M. C. Jansen van Rensburg M. J., Bray J. E. et al. MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomics // Nat Rev Microbiol. 2013. Vol.11(10). P. 728-36.
14 Nataro J. P., Kaper J. B. Diarrheagenic Escherichia coli // Clin Microbiol Rev. 1998. Vol.11(1). P. 142-201.
15 Okeke I. N., Wallace-Gadsden F., Simons H. R. et al. Multi-locus sequence typing of enteroaggregative Escherichia coli isolates from Nigerian children uncovers multiple lineages // PLoS One. 2010. Vol.5(11). P.14093.
16 Sadowy E., Sienko A., Hryniewicz W. Comparison of multilocus variable-number tandem-repeat analysis with multilocus sequence typing and pulsed-field gel electrophoresis for Enterococcus faecalis // Pol J Microbiol. 2011. Vol.60(4). P. 335-9.
17 Simpson E. H. Measurement of species diversity // Nature. 1949. P. 163-688.
18 Steinsland H., Lacher D. W., Sommerfelt H. et al. Ancestral lineages of human enterotoxigenic Escherichia coli // J Clin Microbiol. 2010. Vol.48(8). P. 2916-24.
19 Stenutz R., Weintraub A., Widmalm G. The structures of Escherichia coli O-polysaccharide antigens // FEMS Microbiol Rev. 2006. Vol.30(3). P. 382-403.
20 Wang L., Rothemund D., Curd H. et al. Species-wide variation in the Escherichia coli flagellin (H-antigen) gene // J Bacteriol. 2003. Vol.185(9). P. 2936-43.
21 Wang Q., Ruan X., Wei D. et al. Development of a serogroup-specific multiplex PCR assay to detect a set of Escherichia coli serogroups based on the identification of their O-antigen gene clusters // Mol Cell Probes. 2010. Vol.24(5). P. 286-90.
Количество просмотров: 508
Категория статей:
Оригинальные исследования
Библиографическая ссылка
Бабенко Д. Б., Турмухамбетова А. А., Аукенов Н. Е. Сравнительная оценка методов типирования E.coli - MLST и серотипирования / / Наука и Здравоохранение. 2015. № 6. С. 77-82.Похожие публикации:
МЕХАНИКАЛЫҚ САРҒАЮ ОПЕРАЦИЯСЫ КЕЗІНДЕ КОАГУЛОПАТИЯЛЫҚ ҚАН КЕТУДІҢ АЛДЫН АЛУ ӘДІСІ
ОПТИМИЗАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ АУТОДЕРМОПЛАСТИКИ ПРИ ЛЕЧЕНИИ ГРАНУЛИРУЮЩИХ ГНОЙНЫХ РАН
BASICS OF REHABILITATION OF CHILDREN AFTER OPERATIONS ON THE COLON AND ANORECTAL AREA
HEALTH INDICATORS OF FIRST-YEAR-OF-LIFE CHILDREN IN THE REPUBLIC OF KAZAKHSTAN FOR 2013-2022
ОЦЕНКА УДОВЛЕТВОРЕННОСТИ ТРУДОВОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬЮ ВРАЧЕЙ АНЕСТЕЗИОЛОГОВ-РЕАНИМАТОЛОГОВ ГОРОДА АСТАНА