СРАВНИТЕЛЬНАЯ ОЦЕНКА МЕТОДОВ ТИПИРОВАНИЯ E.COLI - MLST И СЕРОТИПИРОВАНИЯ
Актуальность и цель: Методы субвидового типирования позволяют проводить анализ генетического родства (клональности) между штаммами микроорганизмов одного вида и установить возможную эпидемиологическую связь между источниками инфицирования, факторами передачи возбудителя. Определение и сравнение результатов серологического и мультилокусного секвенирования типирований на основе полногеномных данных E.coli.
Материал и методы исследования: Определение серологических вариантов и МЛСТ типов E.coli проводилось на основе полногеномных данных с использованием веб ресурса центра геномной эпидемиологии (www.genomicepidemiology.org). Разрешающая способность, а также согласованность результатов проводилась на основании Rand и adj.Wallace индексов.
Результаты и обсуждения: Исследование, проведенное на основе полногеномных данных E.coli с определение МЛСТ и серотипов продемонстрировало разрешающую способность на уровне (95-96%). Конкордантность между результатами, полученными двумя методами, составило 83,9% (95% ДИ 80,2-86,5). Предсказательная способность для МЛСТ на основе О:Н генотипов 76%, для серотипов используя данные МЛСТ составило 92,2%
Вывод: При схожей разрешающей способности серотипирования и МЛСТ (95-96%), согласованность результатов в целом составило 84%. При этом, в отношении одних сиквенс типов наблюдается однозначное соответствие серотипов, в тоже время как для других МЛСТ типов характерна неоднородная картина серотипов.
Количество просмотров: 851
Категория статей:
Оригинальные исследования
Библиографическая ссылка
Бабенко Д. Б., Турмухамбетова А. А., Аукенов Н. Е. Сравнительная оценка методов типирования E.coli - MLST и серотипирования / / Наука и Здравоохранение. 2015. № 6. С. 77-82.Похожие публикации:
TRENDS IN MORBIDITY AND MORTALITY FROM CHRONIC HEART FAILURE IN ALMATY
СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ МИОКАРДА ПОСЛЕ АОРТОКОРОНАРНОГО ШУНТИРОВАНИЯ У ПАЦИЕНТОВ С ИЗБЫТОЧНОЙ МАССОЙ ТЕЛА НА РАЗНЫХ ЭТАПАХ РЕАБИЛИТАЦИИ
МЕДИКО – СОЦИАЛЬНЫЕ, ПСИХОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ КАЧЕСТВА ЖИЗНИ БОЛЬНЫХ С ОСТРЫМ ПАНКРЕАТИТОМ
A COMPARATIVE ANALYSIS OF 24-HOUR DIETARY RECALLS AND FOOD FREQUENCY QUESTIONNAIRES ADMINISTERED SIMULTANEOUSLY IN THE KAZAKHSTANI POPULATION
ANALYSIS OF PATIENT SATISFACTION WITH THE QUALITY OF ORGANIZATION OF TREATMENT IN FOREIGN CLINICS