ӨҢЕШТІҢ ЖАЛПАҚКЛЕТКАЛЫҚІСІГІКЕЗІНДЕГІРНҚСЕКВЕНИРЛЕУ: БИОМАТЕРИАЛДЫЖИНАУДАН HISEQ2000 ЖҮЙЕСІНДЕСЕКВЕНИРЛЕУГЕДЕЙІН
Қазақстанда өңештің жалпақклеткалық ісігіне шалдығудың жоғары деңгейі тіркелуде, ауруға шалдығу жиілігі 100000 адамға шаққанда шамамен 10,1 көрсеткішті құрайды. Осы ауру Қазақстан Республикасында ерлер арасындағы өлім бойынша 5-ші, ал әйелдер арасында 9-шы орын алады. Онкопатологияның инициациясы мен прогрессиясын қоздыратын молекулалық механизмдер әлі толықтай зерттелмеген. Осыған қоса, онкоауруларды диагностикалаудың сезімтал әрі специфкалық биомаркерлердің тапшылығы қ\канцерогенез дамуына бағытталған қосымша зерттеулерді қажет етеді. Осы аспектіде ісік клеткаларының транскриптомдық профильдерін зерттеу үмітті тәсіл болып отыр.
Жұмыста үлгілерді дайындау мен жаңа буынды секвенирлеу технологиясы негізіндегі РНҚ секвенирлеу қадамдары сипатталған. Биоматериалды жинаудан бастап, тотальдық РНҚ-ны бөліп алу мен кітапханаларды дайындау сапасы келешектегі секвенирлеу кезінде алынған мәліметтер сапасына әсер етеді.
Сауле Е. Рахимова1, Улыкбек Е. Каиров2, Даурен А. Ережепов1, Асхат Б. Молкенов2, Мадина Р. Жалбинова1, Алия Т. Абильмажинова1, Юрий В. Жуков3, Марат Х. Омаров3, Айнур Р. Акильжанова1
1 Геномдық және дербес медицина зертханасы, National Laboratory Astana, Назарбаев Университеті, Астана, Қазақстан;
2 Биоинформатика және есептеуші жүйелік биология зертханасы, National Laboratory Astana, Назарбаев Университеті, Астана, Қазақстан;
3 Астана қаласының Онкология орталығы, Астана, Қазақстан
1. Asha GVD, Veerendrakumar KV. Relationship between Risk Factors and Dietary Intake of Oesophageal Cancer Patients. J Hum Ecol. 2005, 17: 37-45.
2. Caixia Cheng, Heyang Cui, Ling Zhang, Zhiwu Jia, Bin Song, Fang Wang, Yaoping Li, Jing Liu, Pengzhou Kong, Ruyi Shi, Yanghui Bi, Bin Yang, Juan Wang, Zhenxiang Zhao, Yanyan Zhang, Xiaoling Hu, Jie Yang, Chanting He, Zhiping Zhao, Jinfen Wang, Yanfeng Xi, Enwei Xu, Guodong Li, Shiping Guo, Yunqing Chen, Xiaofeng Yang, Xing Chen, Jianfang Liang, Jiansheng Guo, Xiaolong Cheng, Chuangui Wang, Qimin Zhan and Yongping Cui. Genomic analyses reveal FAM84B and the NOTCH pathway are associated with the progression of esophageal squamous cell carcinoma. GigaScience. 2016, 5:1-13.
3. Freedman N.D., Abnet C.C., Leitzmann M.F., Mouw T., Subar A.F., Hollenbeck A.R., Schatzkin A.A. Рrospective study of tobacco, alcohol, and the risk of esophageal and gastric cancer subtypes. Am J Epidemiol. 2007, 165:1424-33.
4. Kawaguchi H., Ohno S., Miyazaki M., Hashimoto K., Egashira A., Saeki H., Watanabe M., Sugimachi K. CYFRA 21-1 determination in patients with esophageal squamous cell carcinoma: clinical utility for detection of recurrences. Cancer. 2000, 89:1413-7.
5. Mandard A.M., Hainaut P., Hollstein M. Genetic steps in the development of squamous cell carcinoma of the esophagus, Mutat Res. 2000, 462:335-42.
6. Manoel-Caetano Fda S., Borim A.A., Caetano A., Cury P.M., Silva A.E. Cytogenetic alterations in chagasic achalasia compared to esophageal carcinoma, Cancer Genet Cytogenet. 2004, 149:17-22.
7. Mc. Cann. J. Esophageal cancers: changing character, increasing incidence. J Nat l Cancer Inst., 1999, 91:497-8.
8. Metzger R., Schneider P.M., Warnecke-Eberz U., Brabender J., Holscher A.H. Molecular biology of esophageal cancer. Onkologie, 2004, 2:200-206.
9. Novacek G. Plummer-Vinson syndrome. Orphanet J Rare Dis. 2006, 1:36.
10. Parkin D.M., Pisani P., Ferlay J. Estimates of the worldwide incidence of 25 major cancers in 1990. Int J Cancer, 1999; 80: 827–41.
11. Parkin D.M., Bray F., Ferlay J., Pisani P. Global cancer statistics, 2002, CA Cancer J Clin. 2005, 55:74–108.
12. Shimada H., Takeda A., Arima M., Okazumi S., Matsubara H., Nabeya Y., Funami Y., Hayashi H., Gunji Y., Suzuki T., Kobayashi S., Ochiai T. Serum p53 antibody is a useful tumor marker in superficial esophageal squamous cell carcinoma. Cancer. 2000, 89:1677-83.
13. Wakatsuki M., Suzuki Y., Nakamoto S., Ohno T., Ishikawa H., Kiyohara H., Kiyozuka M., Shirai K., Nakayama Y., Nakano T. Clinical usefulness of CYFRA 21-1 for esophageal squamous cell carcinoma in radiation therapy. J Gastroenterol Hepatol. 2007, 22:715-9.
14. Yamabuki T., Daigo Y., Kato T., Hayama S., Tsunoda T., Miyamoto M., Ito T., Fujita M., Hosokawa M., Kondo S., Nakamura Y. Genome-wide gene expression profile analysis of esophageal squamous cell carcinomas. Int J Oncol. 2006, 28:1375-84.
15. Yasushi Sasaki, Miyuki Tamura, Ryota Koyama, Takafumi Nakagaki, Yasushi Adachi, Takashi Tokino. Genomic characterization of esophageal squamous cell carcinoma: insights from next-generation sequencing. World J Gastroenterol. 2016, 22(7):2284-2293.
Көрген адамдардың саны: 447
Мақалалар санаты:
Біртума зерттеулер
Библиографиялық сілтемелер
Рахимова С.Е., Каиров У.Е., Ережепов Д.А., Молкенов А.Б., Жалбинова М.Р., Абильмажинова А.Т., Жуков Ю.В., Омаров М.Х., Акильжанова А.Р. РНК секвенирование при плоскоклеточном раке пищевода: от забора биоматериала до секвенирования на HiSeq2000 / / Наука и Здравоохранение. 2016. №5. С. 53-63. Rakhimova S.Е., Kairov U.E., Yerezhepov D.A., Molkenov A.B., Zhalbinova M.R., Abilmazhinova A.T., Zhukov Y.V., Omarov M.Kh., Akilzhanova A.R. RNA sequencing of squamous esophageal cancer: from the collection of the biomaterial until sequencing on HiSeq2000. Nauka i Zdravookhranenie [Science & Healthcare]. 2016, 5, pp. 53-63. Рахимова С.Е., Каиров У.Е., Ережепов Д.А., Молкенов А.Б., Жалбинова М.Р., Абильмажинова А.Т., Жуков Ю.В., Омаров М.Х., Акильжанова А.Р. Өңештің жалпақклеткалық ісігі кезіндегі РНҚ секвенирлеу: биоматериалды жинаудан HiSeq2000 жүйесінде секвенирлеуге дейін / / Ғылым және Денсаулық сақтау. 2016. №5. Б. 53-63.Ұқсас жариялымдар:
РАДИОЛОГИЯДА ЖАЛПЫ ТРУНКУС АРТЕРИОЗЫН ЗЕРТТЕУДІҢ ДИАГНОСТИКАЛЫҚ ӘДІСТЕРІ
МЕХАНИКАЛЫҚ САРҒАЮ ОПЕРАЦИЯСЫ КЕЗІНДЕ КОАГУЛОПАТИЯЛЫҚ ҚАН КЕТУДІҢ АЛДЫН АЛУ ӘДІСІ
ТҮЙІРШІКТЕЛГЕН ІРІҢДІ ЖАРАЛАРДЫ АУТОТЕРІЖАМАУМЕН ЕМДЕУДІҢ ОҢТАЙЛАНДЫРУ НӘТИЖЕЛЕРІ
ЖУАН ІШЕК ПЕН АНОРЕКТАЛДЫ АЙМАҚҚА ОПЕРАЦИЯ ЖАСАҒАН БАЛАЛАРДЫ РЕАБИЛИТАЦИЯЛАУ НЕГІЗДЕРІ
ҚАЗАҚСТАН РЕСПУБЛИКАСЫНДАҒЫ 2013-2022 ЖЫЛДАРҒА АРНАЛҒАН ӨМІРІНІҢ БІРІНШІ ЖЫЛЫНДАҒЫ БАЛАЛАРДЫҢ ДЕНСАУЛЫҚ КӨРСЕТКІШТЕРІ