ИССЛЕДОВАНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ГИПЕРТОНИЕЙ, ОЖИРЕНИЕМ И ДИАБЕТОМ У ЛИЦ КАЗАХСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ ДЛЯ ПОСЛЕДУЮЩЕГО ИЗУЧЕНИЯ ВЗАИМОСВЯЗЕЙ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ И МЕТАБОЛОМА
В данной работе проведена характеристика генетических вариантов, ассоциированных с гипертонией, ожирением и диабетом и проведено сравнение геномных данных 60 образцов с международной базой данных Т-HOD (The Text-mined Hypertension, Obesity and Diabetes candidate gene database (T-HOD).
Проанализированы генетические варианты, выделенные из полных геномов и экзомов и показавшие ассоциацию с развитием гипертонии, ожирением и диабетом по обоим алгоритмическим предикторам патогенности мутаций PolyPhen2 и SIFT. Обнаружено семь генетических вариантов GHRL (rs4684677), MTHFR (rs1801133), OPRM1 (rs1799971), ERBB2 (rs1058808), BDNF (rs6265), PNPLA3 (rs738409), MTRR (rs1801394) генов.
В дальнейшем планируется интеграция данных метаболома и кодирующих и некодирующих генетических вариантов, выявленных из геномного анализа, изменяющих уровень метаболитов в клеточной системе.
Айнур Р. Акильжанова1, Улан А. Кожамкулов1, Улыкбек Е. Каиров2, Сауле Е. Рахимова1, Айнур Ж. Ахметова1, Даурен А. Ережепов1, Асхат Б. Молкенов2, Жаннур М. Абилова1, Жаксыбай Ш. Жумадилов1
1 Лаборатория геномной и персонализированной медицины Центра Наук о жизни,
National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Астана, Казахстан;
2 Лаборатория биоинформатики и вычислительной системной биологии Центра Наук о жизни, National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Астана, Казахстан
1 Akilzhanova A., Takamura N., Kusano Y., Karazhanova L., Yamashita S., Saito H., Aoyagi K. Association between C677T/MTHFR genotype and homocysteine concentration in a Kazakh population // Asia Pac J Clin Nutr. 2008. V.17(2). P.325-9.
2 Akilzhanova A., Nurkina Z., Momynaliev K., Ramanculov E., Zhumadilov Z., Rakhypbekov T., Hayashida N., Nakashima M., Takamura N. Genetic profile and determinants of homocysteine levels in Kazakhstan patients with breast cancer // Anticancer Res. 2013 Sep. V.33(9). P.4049-59.
3 Berthold H.K., Giannakidou E., Krone W., Trégouët D.A., Gouni-Berthold I. Influence of ghrelin gene polymorphisms on hypertension and atherosclerotic disease. // Hypertens Res. 2010 Feb. V.33(2). P.155-160.
4 Bokor S., Meirhaeghe A., Ruiz J.R., Zaccaria M., Widhalm K., Gonzalez-Gross M., Amouyel P., Moreno L.A., Molnàr D., Dallongeville J. Helena Study Group. Common polymorphisms in six genes of the methyl group metabolism pathway and obesity in European adolescents.// Int J Pediatr Obes. 2011 Jun. - V.6(2-2). - P.e336-344.
5 Burke G.L., Bertoni A.G., Shea S., Tracy R., Watson K.E., Blumenthal R.S., Chung H., Carnethon M.R. The impact of obesity on cardiovascular disease risk factors and subclinical vascular disease: the Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis // Archives of internal medicine. - 2008. V.168(9). P.928-935.
6 Byrne C.D., Wild S.H. The metabolic syndrome. Byrne C.D., Wild S.H., editors. West Sussex, England: John Wiley and Sons; 2005.
7 Chrostowska M., Szyndler A., Paczwa P., Narkiewicz K. Impact of abdominal obesity on the frequency of hypertension and cardiovascular disease in Poland - results from the IDEA study (international day for the evaluation of abdominal obesity) // Blood pressure. 2011 V.20(3). P.145-152.
8 Daviss (April 2005). «Growing pains for metabolomics» The Scientist 19 (8). P.25–28
9 Fox K.A., Despres J.P., Richard A.J., Brette S., Deanfield J.E., Committee I.S., National C-o. Does abdominal obesity have a similar impact on cardiovascular disease and diabetes? A study of 91,246 ambulant patients in 27 European countries // European heart journal. 2009. V.30(24). P.3055-3063.
10 Hindorff L.A., Sethupathy P., Junkins H.A., Ramos E.M., Mehta J.P., Collins F.S., Manolio T.A. Potential etiologic and functional implications of genome-wide association loci for human diseases and traits // Proc Natl Acad Sci U S A. 2009. V.106(23). P.9362-9367.
11 Jordan K.W., Nordenstam J., Lauwers G.Y., Rothenberger D.A., Alavi K., Garwood M., Cheng L.L. «Metabolomic characterization of human rectal adenocarcinoma with intact tissue magnetic resonance spectroscopy». // Diseases of the Colon & Rectum. 2009. 52(3).-P.520–5.
12 Khoury MJ, Adams MJ, Jr., Flanders WD. An epidemiologic approach to ecogenetics. // Am J Hum Genet. 1988. V.42(1). P.89-95.
13 Lavie C.J., Milani R.V., Ventura H.O. Obesity and cardiovascular disease: risk factor, paradox, and impact of weight loss // Journal of the American College of Cardiology. 2009. V.53(21). P.1925-1932.
14 Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform // Bioinformatics. 2009. Vol. 25, № 14. P. 1754-1760.
15 Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools // Bioinformatics. 2009. Vol. 25, № 16. P. 2078-2079.
16 Manolio T.A., Collins F.S., Cox N.J., Goldstein D.B., Hindorff L.A., Hunter D.J., Mc Carthy M.I., Ramos E.M., Cardon L.R., Chakravarti A., Cho J.H., Guttmacher A.E., Kong A., Kruglyak L., Mardis E., Rotimi C.N., Slatkin M., Valle D., Whittemore A.S., Boehnke M., Clark A.G., Eichler E.E., Gibson G., Haines J.L., Mackay T.F., Mc Carroll S.A., Visscher P.M.. Finding the missing heritability of complex diseases // Nature. 2009. V.461(7265). P.747-753.
17 Mc Kenna A., Hanna M., Banks E., Sivachenko A., Cibulskis K., Kernytsky A., Garimella K., Altshuler D., Gabriel S., Daly M., DePristo M.A. The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data // Genome Res. 2010. Vol. 20, № 9. P. 1297-1303.
18 Monda K.L., North K.E., Hunt S.C., Rao D.C., Province M.A., Kraja A.T. The genetics of obesity and the metabolic syndrome // Endocr Metab Immune Disord Drug Targets. 2010. V.10(2). P. 86-108.
19 Ober C., Vercelli D. Gene-environment interactions in human disease: nuisance or opportunity? // Trends Genet. 2011. V.27(3). P.107-115.
20 Ottman R. An epidemiologic approach to gene-environment interaction // Genet Epidemiol. 1990. V.7(3). P.177-85.
21 Romeo S., Sentinelli F., Dash S., Yeo G.S., Savage D.B., Leonetti F., Capoccia D., Incani M., Maglio C., Iacovino M., O'Rahilly S., Baroni M.G. Morbid obesity exposes the association between PNPLA3 I148M (rs738409) and indices of hepatic injury in individuals of European descent. // Int J Obes (Lond). 2010 Jan. V,34(1). P.190-194.
22 Shugart Y.Y., Chen L., Day I.N., Lewis S.J., Timpson N.J., Yuan W., Abdollahi M.R., Ring S.M., Ebrahim S., Golding J., Lawlor D.A., Davey-Smith G. Two British women studies replicated the association between the Val66Met polymorphism in the brain-derived neurotrophic factor (BDNF) and BMI // Eur J Hum Genet. 2009 Aug. V.17(8). P.1050-1055.
23 Terwilliger J., Lee J.H. Natural experiments in human gene mapping: The intersection of anthropological genetics and genetic epidemiology. In: Crawford M, editor. Anthropological Genetics: Theory, Methods, and Applications. Cambridge: Cambridge University Press; 2007. P. 38-76.
24 Tong S.Y., Ha S.Y., Ki K.D., Lee J.M., Lee S.K., Lee K.B., Kim M.K., Cho C.H., Kwon S.Y. The effects of obesity and HER-2 polymorphisms as risk factors for endometrial cancer in Korean women // BJOG. 2009 Jul., V.116(8). P.1046-1052.
25 van den Wildenberg E., Wiers R.W., Dessers J., Janssen R.G., Lambrichs E.H., Smeets H.J., van Breukelen G.J.. A functional polymorphism of the mu-opioid receptor gene (OPRM1) influences cue-induced craving for alcohol in male heavy drinkers // Alcohol Clin Exp Res. 2007 Jan. V.31(1). P.1-10.]
26 WHO. Highlights on health in Kazakhstan. 1999.
27 Yan W., Yang X., Zheng Y., Ge D., Zhang Y., Shan Z., Simu H., Sukerobai M., Wang R. The metabolic syndrome in Uygur and Kazak populations // Diabetes Care. 2005. V.28(10). P. 2554-5.
28 Zalesin K.C., Franklin B.A., Miller W.M,. Peterson E.D., Mc Cullough P.A. Impact of obesity on cardiovascular disease // The Medical clinics of North America. 2011. V.95(5). P.919-937.
Количество просмотров: 474
Категория статей:
Оригинальные исследования
Библиографическая ссылка
Акильжанова А.Р., Кожамкулов У.А., Каиров У.Е., Рахимова С.Е., Ахметова А.Ж., Ережепов Д.А., Молкенов А.Б., Абилова Ж.М., Жумадилов Ж.Ш. Исследование генетических вариантов, ассоциированных с гипертонией, ожирением и диабетом у лиц казахской популяции для последующего изучения взаимосвязей генетических вариантов и метаболома / / Наука и Здравоохранение. 2016. №4. С. 30-42. Akilzhanovа A.R., Kozhamkulov U.A., Kairov U.Ye., Rakhimova S.Ye., Akhmetova A.Zh., Yerezhepov D.A., Molkenov A.B., Abilova Zh.M., Zhumadilov Zh.Sh. Determination of genetic variants associated with hypertension, obesity and diabetes in kazakh population to study interaction of genetic variants and metabolome. Nauka i Zdravookhranenie [Science & Healthcare]. 2016, 4, pp. 30-42. Акильжанова А.Р., Кожамкулов У.А., Каиров У.Е., Рахимова С.Е., Ахметова А.Ж., Ережепов Д.А., Молкенов А.Б., Абилова Ж.М., Жумадилов Ж.Ш. Генетикалық варианттар мен метаболомның өзара байланысын анықтау үшін қазақ популяциясында гипертония, семіздік және диабетпен ассоциацияланған генетикалық варианттарды зерттеу / / Ғылым және Денсаулық сақтау. 2016. №4. Б. 30-42.Похожие публикации:
МЕХАНИКАЛЫҚ САРҒАЮ ОПЕРАЦИЯСЫ КЕЗІНДЕ КОАГУЛОПАТИЯЛЫҚ ҚАН КЕТУДІҢ АЛДЫН АЛУ ӘДІСІ
ОПТИМИЗАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ АУТОДЕРМОПЛАСТИКИ ПРИ ЛЕЧЕНИИ ГРАНУЛИРУЮЩИХ ГНОЙНЫХ РАН
BASICS OF REHABILITATION OF CHILDREN AFTER OPERATIONS ON THE COLON AND ANORECTAL AREA
HEALTH INDICATORS OF FIRST-YEAR-OF-LIFE CHILDREN IN THE REPUBLIC OF KAZAKHSTAN FOR 2013-2022
ОЦЕНКА УДОВЛЕТВОРЕННОСТИ ТРУДОВОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬЮ ВРАЧЕЙ АНЕСТЕЗИОЛОГОВ-РЕАНИМАТОЛОГОВ ГОРОДА АСТАНА