РНК СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПРИ ПЛОСКОКЛЕТОЧНОМ РАКЕ ПИЩЕВОДА: ОТ ЗАБОРА БИОМАТЕРИАЛА ДО СЕКВЕНИРОВАНИЯ НА HISEQ2000
В Казахстане отмечается высокая заболеваемость плоскоклеточным раком пищевода, частота заболеваемости составляет 10,1:100 000. В структуре смертности рак пищевода среди мужчин – занимает 5-ое, среди женщин – 9-ое место в республике Казахстан. Молекулярные механизмы, способствующие инициации и прогрессированию онкопатологии еще недостаточно изучены. Тем не менее, отсутствие чувствительных и специфичных биомаркеров для диагностики онкозаболеваний подчеркивает необходимость дополнительных исследований по изучению развития канцерогенеза. В этом аспекте перспективным является исследование транскриптомного профиля опухолевых клеток.
В работе представлено описание этапов пробоподготовки и РНК секвенирования на основе технологии секвенирования нового поколения. Каждый этап от момента забора биоматериала, выделения тотальной РНК, подготовка библиотеки оказывают влияние на получение качественных данных при последующем секвенировании.
Сауле Е. Рахимова1, Улыкбек Е. Каиров2, Даурен А. Ережепов1, Асхат Б. Молкенов2, Мадина Р. Жалбинова1, Алия Т. Абильмажинова1, Юрий В. Жуков3, Марат Х. Омаров3, Айнур Р. Акильжанова1
1 Лаборатория геномной и персонализированной медицины, National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Астана, Казахстан;
2 Лаборатория биоинформатики и вычислительной системной биологии, National Laboratory Astana, Назарбаев Университет, Астана, Казахстан;
3 Онкологический центр города Астана, Астана, Казахстан
1. Asha GVD, Veerendrakumar KV. Relationship between Risk Factors and Dietary Intake of Oesophageal Cancer Patients. J Hum Ecol. 2005, 17: 37-45.
2. Caixia Cheng, Heyang Cui, Ling Zhang, Zhiwu Jia, Bin Song, Fang Wang, Yaoping Li, Jing Liu, Pengzhou Kong, Ruyi Shi, Yanghui Bi, Bin Yang, Juan Wang, Zhenxiang Zhao, Yanyan Zhang, Xiaoling Hu, Jie Yang, Chanting He, Zhiping Zhao, Jinfen Wang, Yanfeng Xi, Enwei Xu, Guodong Li, Shiping Guo, Yunqing Chen, Xiaofeng Yang, Xing Chen, Jianfang Liang, Jiansheng Guo, Xiaolong Cheng, Chuangui Wang, Qimin Zhan and Yongping Cui. Genomic analyses reveal FAM84B and the NOTCH pathway are associated with the progression of esophageal squamous cell carcinoma. GigaScience. 2016, 5:1-13.
3. Freedman N.D., Abnet C.C., Leitzmann M.F., Mouw T., Subar A.F., Hollenbeck A.R., Schatzkin A.A. Рrospective study of tobacco, alcohol, and the risk of esophageal and gastric cancer subtypes. Am J Epidemiol. 2007, 165:1424-33.
4. Kawaguchi H., Ohno S., Miyazaki M., Hashimoto K., Egashira A., Saeki H., Watanabe M., Sugimachi K. CYFRA 21-1 determination in patients with esophageal squamous cell carcinoma: clinical utility for detection of recurrences. Cancer. 2000, 89:1413-7.
5. Mandard A.M., Hainaut P., Hollstein M. Genetic steps in the development of squamous cell carcinoma of the esophagus, Mutat Res. 2000, 462:335-42.
6. Manoel-Caetano Fda S., Borim A.A., Caetano A., Cury P.M., Silva A.E. Cytogenetic alterations in chagasic achalasia compared to esophageal carcinoma, Cancer Genet Cytogenet. 2004, 149:17-22.
7. Mc. Cann. J. Esophageal cancers: changing character, increasing incidence. J Nat l Cancer Inst., 1999, 91:497-8.
8. Metzger R., Schneider P.M., Warnecke-Eberz U., Brabender J., Holscher A.H. Molecular biology of esophageal cancer. Onkologie, 2004, 2:200-206.
9. Novacek G. Plummer-Vinson syndrome. Orphanet J Rare Dis. 2006, 1:36.
10. Parkin D.M., Pisani P., Ferlay J. Estimates of the worldwide incidence of 25 major cancers in 1990. Int J Cancer, 1999; 80: 827–41.
11. Parkin D.M., Bray F., Ferlay J., Pisani P. Global cancer statistics, 2002, CA Cancer J Clin. 2005, 55:74–108.
12. Shimada H., Takeda A., Arima M., Okazumi S., Matsubara H., Nabeya Y., Funami Y., Hayashi H., Gunji Y., Suzuki T., Kobayashi S., Ochiai T. Serum p53 antibody is a useful tumor marker in superficial esophageal squamous cell carcinoma. Cancer. 2000, 89:1677-83.
13. Wakatsuki M., Suzuki Y., Nakamoto S., Ohno T., Ishikawa H., Kiyohara H., Kiyozuka M., Shirai K., Nakayama Y., Nakano T. Clinical usefulness of CYFRA 21-1 for esophageal squamous cell carcinoma in radiation therapy. J Gastroenterol Hepatol. 2007, 22:715-9.
14. Yamabuki T., Daigo Y., Kato T., Hayama S., Tsunoda T., Miyamoto M., Ito T., Fujita M., Hosokawa M., Kondo S., Nakamura Y. Genome-wide gene expression profile analysis of esophageal squamous cell carcinomas. Int J Oncol. 2006, 28:1375-84.
15. Yasushi Sasaki, Miyuki Tamura, Ryota Koyama, Takafumi Nakagaki, Yasushi Adachi, Takashi Tokino. Genomic characterization of esophageal squamous cell carcinoma: insights from next-generation sequencing. World J Gastroenterol. 2016, 22(7):2284-2293.
Количество просмотров: 587
Категория статей:
Оригинальные исследования
Библиографическая ссылка
Рахимова С.Е., Каиров У.Е., Ережепов Д.А., Молкенов А.Б., Жалбинова М.Р., Абильмажинова А.Т., Жуков Ю.В., Омаров М.Х., Акильжанова А.Р. РНК секвенирование при плоскоклеточном раке пищевода: от забора биоматериала до секвенирования на HiSeq2000 / / Наука и Здравоохранение. 2016. №5. С. 53-63. Rakhimova S.Е., Kairov U.E., Yerezhepov D.A., Molkenov A.B., Zhalbinova M.R., Abilmazhinova A.T., Zhukov Y.V., Omarov M.Kh., Akilzhanova A.R. RNA sequencing of squamous esophageal cancer: from the collection of the biomaterial until sequencing on HiSeq2000. Nauka i Zdravookhranenie [Science & Healthcare]. 2016, 5, pp. 53-63. Рахимова С.Е., Каиров У.Е., Ережепов Д.А., Молкенов А.Б., Жалбинова М.Р., Абильмажинова А.Т., Жуков Ю.В., Омаров М.Х., Акильжанова А.Р. Өңештің жалпақклеткалық ісігі кезіндегі РНҚ секвенирлеу: биоматериалды жинаудан HiSeq2000 жүйесінде секвенирлеуге дейін / / Ғылым және Денсаулық сақтау. 2016. №5. Б. 53-63.Похожие публикации:
TRENDS IN MORBIDITY AND MORTALITY FROM CHRONIC HEART FAILURE IN ALMATY
СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ МИОКАРДА ПОСЛЕ АОРТОКОРОНАРНОГО ШУНТИРОВАНИЯ У ПАЦИЕНТОВ С ИЗБЫТОЧНОЙ МАССОЙ ТЕЛА НА РАЗНЫХ ЭТАПАХ РЕАБИЛИТАЦИИ
МЕДИКО – СОЦИАЛЬНЫЕ, ПСИХОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ КАЧЕСТВА ЖИЗНИ БОЛЬНЫХ С ОСТРЫМ ПАНКРЕАТИТОМ
A COMPARATIVE ANALYSIS OF 24-HOUR DIETARY RECALLS AND FOOD FREQUENCY QUESTIONNAIRES ADMINISTERED SIMULTANEOUSLY IN THE KAZAKHSTANI POPULATION
ANALYSIS OF PATIENT SATISFACTION WITH THE QUALITY OF ORGANIZATION OF TREATMENT IN FOREIGN CLINICS