E.COLI - MLST ТИПТЕУ ЖӘНЕ СЕРОТИПТЕУ ӘДІСТЕРІН САЛЫСТЫРМАЛЫ БАҒАЛАУ
Маңыздылығы және мақсаты: субвидтік типировалдық әдіспен бір түрде микроорганизмдер штаммалар арасында және індет жұқтыру көзі мүмкін болатын эпидемиологиялық байланысты енгізу, қоздырғыштын таралу факторлары генетикалық тұқымдастықты талдау. Серологиялық және мультилокустық секвенировалдық типировалды полногендық деректерін E.coli анықтау және қортындысын салыстыру.
Зеттреу әдістер және материал: Генді эпидемиологиялық (www.genomicepidemiology.org) орталық қорын қолдану негізінде толық гендік деректер және МЛСТ түрлері E.coli серологиялық нұсқаны анықтау өткізілді.
Rand және adj.Wallace индекстерінің негізінде рұқсат етілген және сонымен бірге келісімді нәтижелер өткізілді.
Нәтижелер және сараптау: толық гендік E.coli негізді деректері МЛСТ және серотиптер (95-96%) мөлшерінде зерттеу өткізілген. Конкордантық екі талдаудын арасындағы алынған нәтиже 83,9% (95% ДИ 80,2-86,5) байқалды. МЛСТ үшін алдын ала зейіндеу О:Н генотиптер негізінде 76 % , серотиптерге МЛСТ деректерін қолданғанда 92,2% құрады.
Тұжырым: ұқсас рұқсат берілген серотивтік және МЛСТ (95-96%) келісімді нәтижелер толық 84% құрады. Содан бір сиквенсті үлгілері қатынастарының бір қалыпты серотивтер сәйкестегі байқалады, сол кезде басқа МЛСТ типтерінен біркелкі серотивтердің суреті мінезделген.
Д. Б. Бабенко1, А. А. Турмухамбетова1, Н. Е. Аукенов2
1 Қарағанды Мемлекеттік медицина университеті, Қарағанды қ., Қазақстан;
2 Семей қаласының Мемлекеттік медицина университеті, Семей қ., Қазақстан.
1 Choi S. Y., Jeon Y. S., Lee J. H. et al. Multilocus sequence typing analysis of Shigella flexneri isolates collected in Asian countries // J Med Microbiol. 2007. Vol 56 (Pt 11). P. 1460-6.
2 Croxen M. A. and Finlay B. B. Molecular mechanisms of Escherichia coli pathogenicity // Nat Rev Microbiol. 2010. Vol 8(1). P. 26-38.
3 Croxen M. A., Law R. J., Scholz R. et al. Recent advances in understanding enteric pathogenic Escherichia coli // Clin Microbiol Rev. 2013. Vol.26(4). P. 822-80.
4 DebRoy C., Roberts E., and Fratamico P. M. Detection of O antigens in Escherichia coli. // Anim Health Res Rev. 2011. Vol.12(2). P. 169-85.
5 Enright M. C. and Spratt B. G. Multilocus sequence typing // Trends Microbiol. 1999. Vol. 7(12). P. 482-7.
6 Feil E. J., Li B. C., Aanensen D. M. et al. eBURST: inferring patterns of evolutionary descent among clusters of related bacterial genotypes from multilocus sequence typing data// J Bacteriol. 2004. Vol.186(5). P.1518-30.
7 Fowlkes E. B. and Mallows C. L. A method for comparing two hierarchical clusterings // J. Am. Stat. Assoc. 1983. Vol.(78). P. 553–569.
8 Jenke C., Lindstedt B. A., Harmsen D., et al. Comparison of multilocus variable-number tandem-repeat analysis and multilocus sequence typing for differentiation of hemolytic-uremic syndrome-associated Escherichia coli (HUSEC) collection strains // J Clin Microbiol. 2011. Vol.49(10). P. 3644-6.
9 Kaper J. B., Nataro J. P., Mobley H. L. Pathogenic Escherichia coli // Nat Rev Microbiol. 2004. Vol.2(2). P. 123-40
10 Kotloff K. L., Nataro J. P., Blackwelder W. C. et al. Burden and aetiology of diarrhoeal disease in infants and young children in developing countries (the Global Enteric Multicenter Study, GEMS): a prospective, case-control study // Lancet. 2013. Vol.382(9888). P. 209-22.
11 Lacher D. W., Steinsland H., Blank T. E. et al. Molecular evolution of typical enteropathogenic Escherichia coli: clonal analysis by multilocus sequence typing and virulence gene allelic profiling // J Bacteriol. 2007. Vol.189(2). P. 342-50.
12 Maiden M. C., Bygraves J. A., Feil E. et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. Vol.95(6). P. 3140-5.
13 Maiden M. C. Jansen van Rensburg M. J., Bray J. E. et al. MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomics // Nat Rev Microbiol. 2013. Vol.11(10). P. 728-36.
14 Nataro J. P., Kaper J. B. Diarrheagenic Escherichia coli // Clin Microbiol Rev. 1998. Vol.11(1). P. 142-201.
15 Okeke I. N., Wallace-Gadsden F., Simons H. R. et al. Multi-locus sequence typing of enteroaggregative Escherichia coli isolates from Nigerian children uncovers multiple lineages // PLoS One. 2010. Vol.5(11). P.14093.
16 Sadowy E., Sienko A., Hryniewicz W. Comparison of multilocus variable-number tandem-repeat analysis with multilocus sequence typing and pulsed-field gel electrophoresis for Enterococcus faecalis // Pol J Microbiol. 2011. Vol.60(4). P. 335-9.
17 Simpson E. H. Measurement of species diversity // Nature. 1949. P. 163-688.
18 Steinsland H., Lacher D. W., Sommerfelt H. et al. Ancestral lineages of human enterotoxigenic Escherichia coli // J Clin Microbiol. 2010. Vol.48(8). P. 2916-24.
19 Stenutz R., Weintraub A., Widmalm G. The structures of Escherichia coli O-polysaccharide antigens // FEMS Microbiol Rev. 2006. Vol.30(3). P. 382-403.
20 Wang L., Rothemund D., Curd H. et al. Species-wide variation in the Escherichia coli flagellin (H-antigen) gene // J Bacteriol. 2003. Vol.185(9). P. 2936-43.
21 Wang Q., Ruan X., Wei D. et al. Development of a serogroup-specific multiplex PCR assay to detect a set of Escherichia coli serogroups based on the identification of their O-antigen gene clusters // Mol Cell Probes. 2010. Vol.24(5). P. 286-90.
Көрген адамдардың саны: 381
Мақалалар санаты:
Біртума зерттеулер
Библиографиялық сілтемелер
Бабенко Д. Б., Турмухамбетова А. А., Аукенов Н. Е. E.coli - MLST типтеу және серотиптеу әдістерін салыстырмалы бағалау / / Ғылым және Денсаулық сақтау. 2015. № 6. Б. 77-82.Ұқсас жариялымдар:
РАДИОЛОГИЯДА ЖАЛПЫ ТРУНКУС АРТЕРИОЗЫН ЗЕРТТЕУДІҢ ДИАГНОСТИКАЛЫҚ ӘДІСТЕРІ
МЕХАНИКАЛЫҚ САРҒАЮ ОПЕРАЦИЯСЫ КЕЗІНДЕ КОАГУЛОПАТИЯЛЫҚ ҚАН КЕТУДІҢ АЛДЫН АЛУ ӘДІСІ
ТҮЙІРШІКТЕЛГЕН ІРІҢДІ ЖАРАЛАРДЫ АУТОТЕРІЖАМАУМЕН ЕМДЕУДІҢ ОҢТАЙЛАНДЫРУ НӘТИЖЕЛЕРІ
ЖУАН ІШЕК ПЕН АНОРЕКТАЛДЫ АЙМАҚҚА ОПЕРАЦИЯ ЖАСАҒАН БАЛАЛАРДЫ РЕАБИЛИТАЦИЯЛАУ НЕГІЗДЕРІ
ҚАЗАҚСТАН РЕСПУБЛИКАСЫНДАҒЫ 2013-2022 ЖЫЛДАРҒА АРНАЛҒАН ӨМІРІНІҢ БІРІНШІ ЖЫЛЫНДАҒЫ БАЛАЛАРДЫҢ ДЕНСАУЛЫҚ КӨРСЕТКІШТЕРІ