НҰР-СҰЛТАН ҚАЛАСЫНЫҢ 2010-2020 ЖЫЛДАР АРАЛЫҒЫНДАҒЫ N.MENINGITIDIS ШТАМЫНЫҢ АЙНАЛЫМДАҒЫ СИПАТТАМАСЫ
Кіріспе. Менингококк инфекциясының эпидемиологиясы өзгеруі мүмкін және инвазивті менингококкты ауруды бақылау үшін Neisseria meningitidis изоляттарының түрі өте маңызды.
Зерттеу мақсаты. Нұр-Cұлтан қаласында N. meningitidis штамының айналымдағы генетикалық сипаттамасы анықтау және молекулярлық-эпидемиологиялық зерттеу жүргізу.
Әдістері. Нұр-Cұлтан қаласынының 2010-2020 жылдар аралығындағы менингококк инфекциясының тіркелген жағдайлары зерттелді. Балалардан Neisseria meningitidis изоляттарын сипаттау үшін жұлын сұйықтығы мен қаннан материал жиналды. Науқастардан бөлінген N. meningitidis (n=120) изоляттары мультилокустық тізбекті типтеу (MLST) және porB, porA, fetA, fHbp және penA секвенстеу гендік реттілігі арқылы генотиптелді. Серотиптеу латекс-агглютинация әдісі арқылы жүргізілді. Микробтарқа қарсы препараттарға сезімталдық диско-диффузды әдіс және мультилокустық тізбекті типтеу (МЛТТ) әдісі арқылы анықталды. Клиникалық және зертханалық деректерді статистикалық өңдеу SPSS IBM Statistiсs 20 бағдарламасын қолдану арқылы есептелді. Әр түрлі сызықтардың жасы Mann-Whitney U тестінің көмегімен жасалады.
Нәтижелері. Осылайша, 2010-2020 жж.аралығында Нұр-Сұлтан қ. №3 Көпбейінді қалалық балалар ауруханасында "менингококкты менингит" диагнозымен емделген пациенттердің ауру тарихын талдау барысында ең үлкен үлес пайызды "А" серотипі - 59,2% (n=71), екінші орында "В" - 24,2% (n=29), үшінші орында "с" - 10,8% (n=13) және төмен көрсеткіш "W135"серотипі топтары -4,2% (n=13) (n=5) және "29E" - 1,7% (n = 2) көрсетті. N. meningitidis толық геномдық талдау нәтижелері Genbank халықаралық дерекқорына келесі нөмірлер бойынша орналастырылды: SRX7002979, SRX7002980, SRX7002981, SRX7002982.
Тұжырымдар. Толық геномдық талдау нәтмижесі Қазақстанда соңғы 10 жылдық кезеңде бөлінген N. meningitidis изоляттарының егжей-тегжейлі молекулярлық сипаттамасына елеулі үлес қосты. Қазақстанда және басқа елдерде алынған изоляттар арасындағы генетикалық айырмашылық деңгейін анықтауға мүмкіндік берді. Толық геномдардың генетикалық филогениясы серотиптер мен штамдардың географиялық айналымын, сондай-ақ елдер арасындағы берілу жағдайларын анықтады.
Алия Ж. Сейдуллаева1,2, https://orcid.org/0000-0002-0073-4405
Динагуль А. Баешева1,2, https://orcid.org/0000-0001-6843-9712
Баян Р. Турдалина1,2, https://orcid.org/0000-0001-5672-7370
Алёна В. Алтынбекова1,2, https://orcid.org/0000-0002-4407-4525
Айым М. Турарова1,
Асет Ж. Данияров3, https://orcid.org/0000-0003-3886-718X
Улыкбек Е. Каиров3, https://orcid.org/0000-0001-8511-8064
Самат С. Кожахметов3,4* https://orcid.org/0000-0001-9668-0327
1 КеАҚ «Астана медицина университеті», Нұр-Сұлтан қ., Қазақстан Республикасы;
2 Көпбейінді қалалық балалар ауруханасы №3, Нұр-Сұлтан қ., Қазақстан Республикасы;
3 Өмір туралы ғылымдар орталығы ЖМ "National Laboratory Astana" Назарбаев Университеті,
Нұр-Сұлтан қ., Қазақстан Республикасы;
4 ArtScience инновациялық орталығы, Нұр-Сұлтан қ., Қазақстан Республикасы.
1. Баешева Д.А., Жаксылыкова Г.А., Сейдуллаева А.Ж. Мониторинг заболеваемости менингококковой инфекцией в Республике Казахстан за 2012-2017 гг. среди детского населения // Валеология. 2018. № 3: С. 41-47.
2. Ералиева Л.Т. Совершенствование диагностики бактериальных менингитов у детей и иммунопатогенетические подходы к терапии: дис. …д-ра мед.наук. Алматы. 2010, 210 с.
3. Ералиева Л.Т., Мусаев А.Т., Ешманова А.К., Уалиева С.Т. Характеристика клинико-биохимических критериев пневмококкового менингита у детей // Вестник КазНМУ. 2014. №4. С. 246-250.
4. Ahmed M.M., Nour M.A.K., Soheir S.M. Detection of Neisseria meningitidis DNA in blood samples using direct-PCR test // Egyptian pharmaceutical journal, 2013. 1(1): р. 115-119.
5. Batista, R.S., Gomes A.P., Gazineo J.L.D., Miguel P.S.P. Santana L.A., Geller L.O.M. Meningococcal disease, a clinical and epidemiological review // Asian Pacific Journal of Tropical Medicine, 2017. 10(11): P. 1019-1029.
6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics, 2014. 30(15): P. 2114-2120.
7. Bratche, H.B., Corton C., Jolley K.A., Parkhill J., Maiden M.C.J. A gene-by-gene population genomics platform: de novo assembly, annotation and genealogical analysis of 108 representative Neisseria meningitidis genomes // BMC Genomics, 2014. 15(1): p. 1138.
8. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies // Mol Biol Evol, 2006. 23(2): P. 254-67.
9. Jolley K.A., Bray J.E. Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications // Wellcome open research, 2018. 3: p. 124-124.
10. Kambiré D., Soeters H.M., Ouédraogo-Traoré R., Medah I., Sangare L. Nationwide Trends in Bacterial Meningitis before the Introduction of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine-Burkina Faso, 2011-2013 // PloS one, 20. 11(11): P. e0166384-e0166384.
11. Kim H.-J., Fay M.P., Feuer E.J. Midthune D.N. Permutation tests for joinpoint regression with applications to cancer rates // Statistics in Medicine, 2000. 19(3): P. 335-351.
12. Kim K.S. Acute bacterial meningitis in infants and children // Lancet Infect Dis. 2010. Vol. 10. P. 32-42.
13. Levy C., de La Rocque F, Cohen R. Epidemiology of pediatric bacterial meningitis in France // Med Mal Infect. 2009.39. P. 419–431.
14. Martin N.G., Sadarangani M., Pollard A.J., Goldacre M.J. Hospital admission rates for meningitis and septicaemia caused by Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, and Streptococcus pneumoniae in children in England overfive decades: a population-based observational study // Lancet Infect Dis. 2014. 14. P. 397-405.
15. Mueller J.E. Conjugate vaccine introduction in the African meningitis belt: meeting surveillance objectives // Tropical Medicine and International Health. 2013. Vol. 18. 1. P. 58–64.
16. Paireau J., Chen A., Broutin H. Grenfell B., Basta N.E. Seasonal dynamics of bacterial meningitis: a time-series analysis // Lancet Glob Health. 2016 Jun; 4(6): e370–e377.
17. WHO, Global burden of disease estimates. Geneva: World Health Organization, 2016. 01.09.2020.
18. Yazdankhah S.P., Kriz P., Tzanakaki G., Kalmusova J., Musilek M., Alvestad T., Jolley K.A., Wilson D.J., McCarthy N.D., Caugant D.A., Maiden M.C.J. Distribution of serogroups and genotypes among disease-associated and carried isolates of Neisseria meningitidis from the Czech Republic, Greece, and Norway // J Clin Microbiol. 2014. 42. P. 5146–5153.
19. Zerbino D.R., Birney E. Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs // Genome Research, 2008. 18(5): P. 821-829.
20. Zhang Y., Wei D., Guo X., Han M., Yuan L. Kyaw H.M. Burden of Neisseria meningitidis infections in China: a systematic review and meta-analysis // Journal of global health, 2016. 6(2): P. 020409-020409.
21. Zouheir Y., Atany T. Boudebouch N. Emergence and spread of resistant N. meningitidis implicated in invasive meningococcal diseases during the past decade (2008–2017) // The Journal of Antibiotics. 2019. Vol. 72. P. 185–188.
References:
1. Baesheva D.A., Zhaksylykova, G.A., Seidullaeva, A.Zh. Monitoring zabolevaemosti meningokokkovoi infektsiei v Respublike Kazakhstan za 2012-2017 gg. sredi detskogo naseleniya [Monitoring the incidence of meningococcal infection in the Republic of Kazakhstan for 2012-2017 among the child population]. Valeologiya [Valeology]. 2018. Vol. 3: pp. 41-47 [in Russian].
2. Eralieva L.T. Sovershenstvovanie diagnostiki bakterial'nykh meningitov u detei i immunopatogeneticheskie podkhody k terapii [Improving the diagnosis of bacterial meningitis in children and immunopathogenetic approaches to therapy]: dokt. diss. Almaty. 2010. 210p. [in Russian].
3. Eralieva L.T., Musayeva A.T., Echmanova A., Ualiyeva S. Kharakteristika kliniko-biokhimicheskikh kriteriev pnevmokokkovogo meningita u detei [Characteristics of clinical and biochemical criteria for pneumococcal meningitis in children]. Vestnik KazNMU [Bulletin KazNMU]. 2014. 4. pp. 246-250 [in Russian].
4. Ahmed M.M., Nour M.A.K., Soheir S.M. Detection of Neisseria meningitidis DNA in blood samples using direct-PCR test. Egyptian pharmaceutical journal. 2013. 1(1): р. 115-119.
5. Batista R.S., Gomes A.P., Gazineo J.L.D., Miguel P.S.P., Santana L.A. Geller L.O.M. Meningococcal disease, a clinical and epidemiological review. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine. 2017. 10(11): P. 1019-1029.
6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014. 30(15): p. 2114-2120.
7. Bratcher H.B., Corton C., Jolley K.A., Parkhill J., Maiden M.C.J. A gene-by-gene population genomics platform: de novo assembly, annotation and genealogical analysis of 108 representative Neisseria meningitidis genomes. BMC Genomics. 2014. 15(1): P. 1138.
8. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies. Mol Biol Evol. 2006. 23(2): P. 254-67.
9. Jolley K.A., Bray J.E., Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications. Wellcome open research. 2018. 3: P. 124-124.
10. Kambiré D., Soeters H.M. Ouédraogo-Traoré R., Medah I., Sangare L. Nationwide Trends in Bacterial Meningitis before the Introduction of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine-Burkina Faso, 2011-2013. PloS one. 20. 11(11): p. e0166384-e0166384.
11. Kim H.-J., Fay M.P., Feuer E.J., Midthune D.N. Permutation tests for joinpoint regression with applications to cancer rates. Statistics in Medicine. 2000. 19(3): P. 335-351.
12. Kim K.S. Acute bacterial meningitis in infants and children. Lancet Infect Dis. 2010. Vol. 10. P. 32-42.
13. Levy C., de La Rocque F., Cohen R. Epidemiology of pediatric bacterial meningitis in France. Med Mal Infect. 2009.39. P. 419–431.
14. Martin N.G., Sadarangani M., Pollard A.J., Goldacre M.J. Hospital admission rates for meningitis and septicaemia caused by Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, and Streptococcus pneumoniae in children in England overfive decades: a population-based observational study. Lancet Infect Dis. 2014. 14. P. 397-405.
15. Mueller J.E. Conjugate vaccine introduction in the African meningitis belt:meeting surveillance objectives. Tropical Medicine and International Health. 2013. Vol. 18. 1. P. 58–64.
16. Paireau J., Chen A., Broutin H., Grenfell B., Basta N.E. Seasonal dynamics of bacterial meningitis: a time-series analysis. Lancet Glob Health. 2016 Jun; 4(6): e370–e377.
17. WHO., Global burden of disease estimates. Geneva: World Health Organization, 2016. 01.09.2020.
18. Yazdankhah S.P., Kriz P., Tzanakaki G. Kalmusova J., Musilek M., Alvestad T., Jolley K.A., Wilson D.J., McCarthy N.D., Caugant D.A., Maiden M.C.J. Distribution of serogroups and genotypes among disease-associated and carried isolates of Neisseria meningitidis from the Czech Republic, Greece, and Norway. J Clin Microbiol. 2014. 42. P. 5146–5153.
19. Zerbino D.R., Birney E. Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Research. 2008. 18(5): P. 821-829.
20. Zhang Y., Wei D., Guo X., Han M., Yuan L. Kyaw H.M. Burden of Neisseria meningitidis infections in China: a systematic review and meta-analysis. Journal of global health. 2016. 6(2): P. 020409-020409.
21. Zouheir Y., Atany T., Boudebouch N. Emergence and spread of resistant N. meningitidis implicated in invasive meningococcal diseases during the past decade (2008–2017). The Journal of Antibiotics. 2019. Vol. 72. P. 185–188.
Көрген адамдардың саны: 240
Мақалалар санаты:
Біртума зерттеулер
Библиографиялық сілтемелер
Сейдуллаева А.Ж., Баешева Д.А., Турдалина Б.Р., Алтынбекова А.В., Турарова А.М., Данияров А.Ж., Каиров У.Е., Кожахметов С.С. Нұр-Сұлтан қаласының 2010-2020 жылдар аралығындағы N.Meningitidis штамының айналымдағы сипаттамасы // Ғылым және Денсаулық сақтау. 2020. 6 (Т.22). Б. 26-34. doi 10.34689/SH.2020.22.6.004Ұқсас жариялымдар:
РАДИОЛОГИЯДА ЖАЛПЫ ТРУНКУС АРТЕРИОЗЫН ЗЕРТТЕУДІҢ ДИАГНОСТИКАЛЫҚ ӘДІСТЕРІ
МЕХАНИКАЛЫҚ САРҒАЮ ОПЕРАЦИЯСЫ КЕЗІНДЕ КОАГУЛОПАТИЯЛЫҚ ҚАН КЕТУДІҢ АЛДЫН АЛУ ӘДІСІ
ТҮЙІРШІКТЕЛГЕН ІРІҢДІ ЖАРАЛАРДЫ АУТОТЕРІЖАМАУМЕН ЕМДЕУДІҢ ОҢТАЙЛАНДЫРУ НӘТИЖЕЛЕРІ
ЖУАН ІШЕК ПЕН АНОРЕКТАЛДЫ АЙМАҚҚА ОПЕРАЦИЯ ЖАСАҒАН БАЛАЛАРДЫ РЕАБИЛИТАЦИЯЛАУ НЕГІЗДЕРІ
ҚАЗАҚСТАН РЕСПУБЛИКАСЫНДАҒЫ 2013-2022 ЖЫЛДАРҒА АРНАЛҒАН ӨМІРІНІҢ БІРІНШІ ЖЫЛЫНДАҒЫ БАЛАЛАРДЫҢ ДЕНСАУЛЫҚ КӨРСЕТКІШТЕРІ